日本アセアンセンターは、ジャカルタ(インドネシア)にあるASEAN事務局とは異なる独立した国際機関です。ASEAN事務局は1976年のASEAN首脳会議で設置が決定されました。一方、センターは1981年に日本とASEANとの貿易・投資・観光の促進を目的に、日本政府と当時のASEAN諸国政府の協定によって設立されました。
日本アセアンセンターは、ASEAN事務局と幅広い分野において協力関係を築いています。また、ASEAN各国とも本国政府、駐日ASEAN大使館、各国政府貿易・投資・観光関連機関を通じて密接な連携を保っています。